Forensic sciences: Effects of stress and perturbations on soil communities/Appendices

From Wikibooks, open books for an open world
Jump to navigation Jump to search
Forensic sciences: Effects of stress and perturbations on soil communities
 ← Conclusion Appendices End → 

Testate amoebae identification data[edit | edit source]

' X Arcella_a Argynnia_a Assulina_a Centropyxis_a Cyclopyxis_a Cyphoderia_a Diflugia_a Euglypha_a Heleopera_a Hyalosphenia_a Microchlamys_a Paraquadrula_a Phryganella_a Plagiopyxis_a Nebela_a Tracheleuglypha_a Trinema_a Schwabia_a Lesqueresia_a Arcella_d Argynnia_d Assulina_d Centropyxis_d Cyclopyxis_d Cyphoderia_d Diflugia_d Euglypha_d Heleopera_d Hyalosphenia_d Microchlamys_d Paraquadrula_d Phryganella_d Plagiopyxis_d Nebela_d Tracheleuglypha_d Trinema_d Schwabia_d Lesqueresia_d
1 1_P_0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3 NA NA 5 4 NA NA NA NA NA NA NA 6 NA 2 NA NA NA NA
2 2_P_0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2 5 NA 2 2 2 NA NA NA 2 NA NA 2 3 NA NA
3 3_P_0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2 1 NA NA 3 1 NA 4 NA NA NA 2 2 NA 1 4 NA NA NA
4 1_B_0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4 NA 1 NA 2 NA NA 6 4 NA NA NA NA NA 1 2 NA NA NA
5 2_B_0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA 6 1 NA 3 2 NA NA 2 1 NA NA 3 NA NA 1 NA NA NA NA
6 3_B_0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7 NA NA 5 5 NA NA NA NA 2 NA NA 1 NA NA NA NA NA NA
7 1_M_0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6 NA NA 1 NA NA NA 5 NA NA NA 1 2 NA 1 4 NA NA NA
8 2_M_0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2 NA 1 6 4 NA NA 1 3 NA NA NA NA NA 1 2 NA NA NA
9 3_M_0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA 6 1 NA 3 2 NA NA 3 1 NA NA NA NA 1 1 1 NA NA NA
10 1_C_0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7 NA NA 4 1 NA NA 2 6 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
11 2_C_0 NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4 NA NA 2 11 NA NA 1 NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA
12 3_C_0 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5 NA 4 5 4 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA 1 NA NA
13 1_P_11 NA NA NA NA 2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 9 3 NA NA 1 1 NA NA NA 2 1 NA NA NA NA NA
14 2_P_11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2 NA NA 7 9 NA NA 1 NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA
15 3_P_11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 3 NA NA 5 3 NA NA 2 NA NA NA 1 NA NA 4 2 NA NA NA
16 1_B_11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA 2 2 11 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA 1 NA 1 NA NA
17 2_B_11 NA NA NA NA NA NA NA 3 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2 NA NA 7 5 NA NA NA NA NA NA 2 NA NA 1 NA NA NA NA
18 3_B_11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7 NA NA 3 6 NA NA NA 3 NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA
19 1_M_11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 7 NA NA 3 2 NA NA 1 3 NA 1 NA NA 3 NA NA NA NA NA
20 2_M_11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 4 NA NA 2 11 NA NA NA NA NA NA NA NA 1 2 NA NA NA NA
21 3_M_11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA 4 NA NA 4 2 NA NA 2 1 NA NA NA 3 NA 2 1 NA NA NA
22 1_C_11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6 6 NA NA 1 1 NA NA NA 1 3 2 NA NA NA NA
23 2_C_11 NA NA NA NA NA NA NA 2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5 NA NA 7 2 NA NA 3 NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA
24 3_C_11 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 5 NA NA 4 4 NA NA NA 7 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
25 1_P_18 2 NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA 4 NA NA 5 4 NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA NA 1
26 2_P_18 1 NA 1 3 NA NA NA 5 6 NA NA NA NA NA 2 NA NA NA NA 4 NA NA 2 NA NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
27 3_P_18 3 NA NA NA 1 NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2 1 NA 3 7 NA NA NA 2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
28 1_B_18 NA NA NA 1 1 NA NA 4 NA NA NA 3 NA NA NA NA NA NA NA 6 NA NA 2 2 NA NA 4 NA NA NA 2 NA NA NA NA NA NA NA
29 2_B_18 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA 8 NA NA 4 NA NA NA 1 1 NA NA 3 NA NA 2 NA NA NA NA
30 3_B_18 1 NA NA 1 NA NA NA 3 NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA 5 NA NA 4 4 NA NA 3 NA NA NA NA NA NA 2 NA 1 NA NA
31 1_M_18 1 NA NA 1 NA NA NA 2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 9 NA NA 5 1 NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
32 2_M_18 1 NA NA NA 1 NA NA NA 2 NA NA NA NA 1 NA NA NA NA NA 1 NA NA 3 7 NA NA NA 2 NA NA NA NA 2 NA NA NA NA NA
33 3_M_18 NA NA NA NA NA NA NA 3 NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA 5 NA NA 2 4 NA NA 4 NA NA NA NA NA 1 NA NA 2 NA NA
34 1_C_18 1 NA NA 1 NA NA NA 7 NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA 4 NA NA 4 NA NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
35 2_C_18 1 NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA 6 NA NA 3 2 NA NA 2 NA NA NA NA NA NA 2 1 1 NA NA
36 3_C_18 NA NA NA 1 4 NA NA 2 NA NA NA NA NA NA 2 NA NA NA NA 1 NA NA 4 2 NA NA 2 1 NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA
37 1_P_25 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 6 NA NA 6 4 NA NA 1 NA NA NA NA NA NA 2 NA NA NA NA
38 2_P_25 NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA 3 NA 2 3 1 2 NA 2 1 NA NA NA NA NA 3 NA 1 NA NA
39 3_P_25 1 NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8 NA NA 7 2 NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA NA
40 1_B_25 NA NA NA NA NA NA NA 3 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 8 NA NA 6 3 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
41 2_B_25 2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2 NA NA NA NA 9 NA NA 3 2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 2 NA NA NA NA
42 3_B_25 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA 5 NA NA 3 5 NA NA NA NA NA NA 3 NA NA 1 NA 2 NA NA
43 1_M_25 1 NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA 3 NA NA NA NA 3 NA NA 3 3 NA NA 3 NA NA NA NA NA NA 2 NA 1 NA NA
44 2_M_25 3 NA NA 1 NA NA NA 2 2 NA NA NA NA 1 1 NA NA NA NA 4 NA NA 1 3 NA NA NA NA NA NA NA NA 2 NA NA NA NA NA
45 3_M_25 NA NA NA NA NA NA NA 2 NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA 6 NA NA 4 4 NA NA 1 NA NA NA NA NA 1 NA NA 1 NA NA
46 1_C_25 NA NA NA 3 2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA 1 NA NA 5 6 NA NA NA NA NA NA NA 1 NA NA NA NA NA 1
47 2_C_25 NA 1 NA 2 2 NA NA 1 1 NA NA NA NA 1 1 NA NA NA NA 2 NA NA 1 6 NA NA NA NA NA NA NA NA 2 NA NA NA NA NA
48 3_C_25 NA NA NA 1 NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA 2 NA NA NA NA 2 NA NA 6 5 NA NA 1 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1

Legend:

  • X axis: Gender name; its statue: a stands for alive, d stands for dead
  • Y axis: Number of line; Number of replicate; Treatment: P stands for pig, B stands for blood, M stands for manure, C stands for control; Post mortem interval (PMI) with the sampling

Environmental data[edit | edit source]

' respi ph treatment PMI replicate '
1 2.65 7.50 pig 0 1
2 2.89 7.08 pig 0 2
3 2.79 7.62 pig 0 3
4 4.48 7.45 blood 0 1
5 3.37 7.35 blood 0 2
6 4.17 7.38 blood 0 3
7 3.64 7.14 manure 0 1
8 3.93 7.51 manure 0 2
9 4.60 7.45 manure 0 3
10 3.00 7.79 control 0 1
11 3.96 7.72 control 0 2
12 4.53 7.42 control 0 3
13 21.06 7.58 pig 11 1
14 57.81 8.38 pig 11 2
15 40.93 8.78 pig 11 3
16 21.56 9.06 blood 11 1
17 30.94 8.94 blood 11 2
18 24.38 8.92 blood 11 3
19 5.12 7.50 manure 11 1
20 6.18 7.50 manure 11 2
21 5.23 7.58 manure 11 3
22 0.00 7.49 control 11 1
23 2.02 7.50 control 11 2
24 2.92 7.46 control 11 3
25 24.16 7.89 pig 18 1
26 10.96 6.99 pig 18 2
27 15.60 6.85 pig 18 3
28 21.24 8.68 blood 18 1
29 17.99 9.09 blood 18 2
30 13.74 8.88 blood 18 3
31 3.02 7.71 manure 18 1
32 2.02 7.90 manure 18 2
33 2.97 7.69 manure 18 3
34 2.19 7.20 control 18 1
35 2.07 7.26 control 18 2
36 2.47 7.39 control 18 3
37 NA 6.46 pig 25 1
38 NA 5.80 pig 25 2
39 NA 5.68 pig 25 3
40 NA 7.74 blood 25 1
41 NA 7.26 blood 25 2
42 NA 7.62 blood 25 3
43 NA 6.48 manure 25 1
44 NA 6.64 manure 25 2
45 NA 6.01 manure 25 3
46 NA 5.70 control 25 1
47 NA 6.24 control 25 2
48 NA 6.00 control 25 3

Statistical analysis[edit | edit source]

ANOVA: Released CO2 flow in function of time, treatment and interaction between both[edit | edit source]

Response: respi
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
PMI 2 1272.4 636.21 17.9783 1.692e-05 ***
treatment 3 1976.2 658.75 18.6152 1.863e-06 ***
PMI:treatment 6 1575.1 262.52 7.4183 0.0001425 ***
Residuals 24 849.3 35.39
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Tukey multiple comparisons of means
95% family-wise confidence level
Fit: aov(formula = respi ~ PMI + treatment + PMI * treatment, data = env)

ANOVA: pH in function of time, treatment and interaction between both[edit | edit source]

Response: ph
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
PMI 3 17.3921 5.7974 68.9444 4.657e-14 ***
treatment 3 9.2794 3.0931 36.7848 1.743e-10 ***
PMI:treatment 9 5.4843 0.6094 7.2468 1.155e-05 ***
Residuals 32 2.6908 0.0841
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Tukey multiple comparisons of means
95% family-wise confidence level
Fit: aov(formula = ph ~ PMI + treatment + PMI * treatment, data = env)

ANOVA: Living/dead ratio in function of time, treatment and interaction between both[edit | edit source]

Response: living/dead
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
PMI 3 2.5664 0.85548 6.1263 0.002055 **
treatment 3 0.2414 0.08047 0.5763 0.634787
PMI:treatment 9 1.4706 0.16340 1.1702 0.346392
Residuals 32 4.4685 0.13964
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Tukey multiple comparisons of means
95% family-wise confidence level
Fit: aov(formula = ld ~ PMI + treatment + PMI * treatment, data = env)

ANOVA: Shannon index in function of time, treatment and interaction between both[edit | edit source]

Response: H (Shannon index)
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
PMI 3 0.22539 0.075129 1.2125 0.3210
treatment 3 0.21006 0.070019 1.1300 0.3516
PMI:treatment 9 0.43570 0.048411 0.7813 0.6348
Residuals 32 1.98279 0.061962
Tukey multiple comparisons of means
95% family-wise confidence level
Fit: aov(formula = H ~ PMI + treatment + PMI * treatment, data = env)

Pearson's correlation: Correlation between pH and living/dead ratio[edit | edit source]

Pearson's product-moment correlation
t = -1.4297, df = 46, p-value = 0.1596
alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0
95 percent confidence interval:
-0.46324980 0.08271776
sample estimates:
cor -0.2062648

Pearson's correlation: Correlation between pH and Shannon index[edit | edit source]

Pearson's product-moment correlation
t = -0.4397, df = 46, p-value = 0.6622
alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0
95 percent confidence interval:
-0.3425392 0.2235426
sample estimates:
cor -0.06470173
Forensic sciences: Effects of stress and perturbations on soil communities
 ← Conclusion Appendices End →